孙元化在开
之后，便被刘不同装上第一条返回台湾的船只，运往了淡水城进行安置。于孝天当时正在筹备北上的事情，所以两个人走了个对头，却没有见面，这次于孝天回来，自然是要见一下孙元化的。
孙元化到了淡水之后，已经知道这里是什么地方了，当然也猜出了这次把他弄来这里的人是谁了。
对于孝天，孙元化是有所了解的，他本身是一个天主教徒，跟澳门的教会有很深的
情，要不然的话他这次到登莱任巡抚，也不能从澳门请去那么多葡萄牙人充当炮术教官。在长时间的和教会来往之中，他对南方的事情也是比较了解的，特别是对福建的海狼集团，他早有耳闻，通过教会了解了很多有关海狼和于孝天的消息。
澳门教会方面，对于孝天是相当推崇的，特别是于孝天开放台湾岛，让教会公开传教，这件事让教会方面，对于孝天非常满意，多次在和孙元化的信件之中提及此事。
还有教会方面对于孝天控制能力以及手头拥有的武力，也非常推崇，称其为大明一个奇人，短时间之内，便打造出一支可以横行中国海的水师，并且使用的是最先进的火炮以及战船。
整体上来说，教会方面认为于孝天虽然不是教徒，可是也算是亲教的人员，就算是他对教会在台湾岛传教控制很严，但是起码也开了一个口子，让教会能获得一个公开传教的机会。
所以孙元化对于于孝天并不陌生，起码也算是神
已久，只是一直没有机会见面罢了。但是没想到这一次于孝天会突然间对他施以援手，把他从山东绑架到了台湾岛，并且给他安置了不错的地方，算是相当善待他了。
原本孙元化对于于孝天这么做，还是颇有微词的，认为于孝天把他
入了绝地，彻底断绝了他的仕途。原本他这次被叛军释放之后，还想要回到京中，利用老师徐光启以及周延儒等人的能量，给他提供一些保护，起码保住他的性命，就算是被革职查办，以后只要他们还在朝中任事，迟早也有一天会被起复。
可是于孝天把他弄到这里，他不明不白的就失踪了，肯定朝廷就会为此震怒，那么就算是以后他回去陆上，估计也没有机会再入仕途了，掉脑袋那是最起码的事情。
所以孙元化在初到这里的时候，还对于孝天心怀不满，认为是于孝天坏了他的前程，可是随着京师方面各种消息传回来告知他以后，孙元化渐渐的改变了这种想法。
特别是七月间朝廷下旨，将张焘斩首弃市，宋光兰也被杀了，而朝中对于剿还是抚的问题，已经最终拿定了主意，皇帝力主以剿为主，开始调集大军北上入剿孔李
军，这时候徐光启和周延儒等当初主抚之人，都受到了圣上的呵斥。甚至于一直主抚的兵部右侍郎刘宇烈也被朝廷罢官逮问，这就说明了事情的严重
，起初孙元化还指望着老师徐光启和周延儒等人能保住他，可是后来看时局的发展，这种希望是极为渺茫的。作为登莱巡抚，他才是主事之人，这次登莱之
，本身就该归结在他身上，由他背这个黑锅，更何况在孔有德叛之初，他又一门心思想要招抚，结果导致贻误战机，另外主抚的问题上，确实有很大的问题，最初朝廷派兵进剿，诸将都一门心思的指望着主抚，结果被孔李叛军打的大败。叛军横扫登莱等地，造成登莱生灵涂炭，就连后来的山东巡抚徐从治，都被叛军
炮打成重伤，以至于后来死在了莱州城之中。所以他作为罪魁祸首，就算是当初跑回了京师，最终的下场也是可想而知的，肯定会被朝廷那些政敌大做文章，最终肯定也要被斩首示众，甚至于弄不好，还会落得袁崇焕当初的下场，被凌迟处死估计都是有可能的事情。
所以当了解了这些事情之后，孙元化对于孝天的想法开始转变了，他不知道于孝天为何会预料这么准，朝廷肯定会干掉他来
愤，提前派人去把他给弄到了台湾岛，但是不管怎么说，于孝天算是保住了他一条命。孙元化不是那种
情非常刚烈之人，完全可以之生死与不顾，要不然的话当初在登州城破的时候，他有一千个机会，可以自我了断，可是他最终还是选择了苟延残
，被叛军所持之后被释放了，又想跑回京师之中寻求庇护。孙元化这个人，对于生命还是相当看重的，于孝天某种程度上来说，算是他的救命恩人，虽然他并不认可于孝天这种做法，可是却也不得不承认，于孝天救了他的性命。
在孙元化抵达了淡水城之后，于孝天派人给他安排了一个独院单独安置，并且对外也没有公开他的身份，只是称其为先生，同时还给予了他相当的自由。
孙元化刚到淡水城之后，百无聊赖之际，想要出去走走看看这边的情况和风景，立即有人便安排他，并且派出专人保护他陪同他，到淡水各处观看这边的情况。
甚至连一般人不许进入的水力工厂，孙元化都获准进入观看了一番，当孙元化看罢了淡水这边的农业和工业发展之后，顿时就被震惊了，他绝对没有想到，于孝天以前只是一个海盗，居然能在这荒芜的台员岛上，经营出这么一个广阔的天地。
而且海狼的各种工厂里面靠着水力带动天轴，传动给各种机械充当动力，那些机械发出的轰鸣声，制造出各种零件和产品，给他带来了巨大的震撼。
孙元化师从徐光启，被称为大明最著名的科学家，接触了非常多的西方文化，对于算数、几何以及物理、自然等学科，涉猎都很广泛，甚至于对于铸炮，也非常精通，被称作是大明最著名的炮术专家和火炮专家。
对于机械方面，他也是相当有研究的，可是当他看罢了海狼的工厂之后，却发现他所学的东西，在这里简直太肤浅了一些，这里的机械是他闻所未闻，见所未见过的东西，这些机械，在旋转之中，可以切割钢铁，钢铁在这些机械之中，可以任意被切削成任意的形状，最终又被组装成新的机械。
效率之高，是他想都没敢想过的，打听了一下之后，他才知道，这些机械居然绝大多数都是于孝天所“创制发明”出来的，这就更让他感到惊讶到了极点，虽然有人说一些机器是一个叫张铁匠现在已经改外号叫张机器的人创制的，可是这个张机器却也是得了于孝天秘传之后，才有了这本事。
于是孙元化很是好奇，便求见这个张机器，后来居然也被准许了，张铁匠现在可是个机械痴，见到孙元化之后，也不问孙元化是什么身份，孙元化跟他谈起了机器方面的事情，而且孙元化见多识广，知识丰富，难得有人能和张机器说上话，于是张机器便立即如同找到了知音一般，和孙元化讨论起了机器方面的问题。
孙元化听了张铁匠的话之后，起初还觉得张铁匠为人
俗不堪，并不像是个读书人，可是越聊越发现张铁匠不可小觑，他对于机械方面的事情，非常精通，说起机械方面的东西，可以说是滔滔不绝，很多见解连他都闻所未闻。问一下张铁匠，这些东西都是谁教给他的，张铁匠立即
出了一脸崇拜的表情，说是他们的主公传授给他的，要不是这辈子他遇上了于孝天的话，他一辈子都是个打铁的，怎么也不可能接触到这样的神一般的机械学。孙元化听罢之后，更是惊讶的要死，在淡水他听到了许多人张口闭口说于孝天是主上、主公，这可是标准的大逆不道，可是在这些人口中说出来，却那么自然，孙元化立即心中暗吃一惊，差点惊呼了起来。
因为他感觉到于孝天弄出这样的局面，而且身在福建为将，却并不把这台员岛归入大明治下，却将这里经营成这样一幅局面，明显是心怀叵测，说他有自立之心，绝对不会亏说他，甚至于孙元化感觉到，于孝天弄不好根本就没把台湾岛这边的格局放在眼中，其心之大，弄不好连逐鹿中原的心思都有。
于是孙元化真被吓住了，虽然他是天主教徒，可是毕竟却是从小读圣贤书长大，脑子里面
深蒂固的思想，是忠君思想，历来都把这天下当成大明朱家的天下，哪儿曾经想过有人想要翻天的事情呀！就算是建奴闹得再
，也不过只是要求大明能给他们一个平等相待的地位，却也没听说过建奴想要谋夺这天下，可是从于孝天这里，他却看出了于孝天的野心。（继续高呼我要月票！这个月目标不算高，能留在前四十名就行！弟兄们加油帮顶吧！全靠你们了！）