五月初八
，护龙军乘大雾夜渡长江，次克镇江。南明沿江守军皆溃。总兵郑鸿逵、郑彩部水师东遁入海，退回福建。十四
，护龙军自镇江南下丹
，西趋句容，直抵南京城下。大明摄政王二年（1645）五月十五大臣赵之龙、王锋、钱谦益等献南京城投降,护龙军占领南京。二十二
，护龙军俘获逃奔芜湖的弘光帝朱由崧。至此，弘光政权亡。南明先后归降者共计马步兵23。8万人。二十四，冉义抵南京。六月初五
，大明摄政王龙辰诏令下达江南各处，安稳江南民心，并继续抚剿江南未下城邑。护龙军自常州、无锡直取苏州，十三
进入杭州。基本平定了江南各部，之后，冉义部重新整合，在江南进行休整，随时准备投入接下来的战事。大明摄政王三年八月，大明摄政王龙辰命孔有德为平南大将军，率部进攻湖广和广东。十月，大明摄政王龙辰又命佟养甲、李成栋领兵由闽南攻广东。
十一月间，在广东建立了两个南明政权：桂王朱由榔在肇庆称帝，年号永历；唐王朱聿钅粤称监国于广州，年号绍武。二者互争正统，相煎火并。护龙军将领佟养甲、李成栋军乘南明内讧，于十一月下
州(今广东安)、惠州，十二月攻入广州。绍武政权仅存在41天，便遭覆亡。于是，孔有德、李成栋两路大军合攻永历政权。大明摄政王四年(1647年)正月，李成栋军攻占肇庆，连下高、雷、廉三州，尾追朱由榔入广西，攻取梧州。孔有德军于三月攻占长沙，继而连下衡州(今衡)、宝庆(今邵)、桂、武岗、沅州(今芷江)、辰州(今沅陵)等地，占领湖南，并进军广西。五月，孔有德军进攻桂林，被瞿式耜、焦琏统南明守军击败。十一月，孔有德军又于全州被南明何腾蛟、瞿式耜击败，退回湖南。
李成栋军攻广西亦受挫，退回广东。时大顺农民军余部李过、郝摇旗等与南明联合抗击护龙军，军势大振。
大明摄政王五年(1648年)，江西提督金声桓、广东提督李成栋、大同总兵姜壤，先后反叛护龙军归南明，更振南明声势。
护龙军失去赣、粤、晋诸省，朝廷震动。
大明摄政王龙辰令定南王孔有德军于湖广积极动作，并以李九成定远大将军，统兵往湖广，协孔有德部；命吴三桂自锦州移镇汉中，活动于陕川，以为策应；命耿
忠、尚可喜率所部兵各两万，往征广东；同时，命将分路征剿叛军。为征金声桓，大明摄政王龙辰命谭泰为征南大将军，同何洛会、刘良佐等征江西。该部克九江、饶州(今饶)，围南昌孤城凡六个月，至大明摄政王六年(1649年)正月，用红衣大炮破城，金声桓死。同月，护龙军攻占湘潭，擒杀明东阁大学士何腾蛟，衡、永、宝、郴等州下。
二月，护龙军突袭江西信丰之李成栋营，李成栋死。
赣、湘失而复得。
对姜壤，赵一名先统兵围大同。随之，大明摄政王龙辰调祖宽部急援大同；六年正月，命大军先讨汾州，后围大同。
四月，复遣诸路援军前往大同。其间，龙辰两次亲往大同，多次谕降大同叛军；
八月，叛军内讧，护龙军入城。山西复平。
广西方面，大明摄政王六年十二月李九成所部先败三路攻全州之南明军，再败道州之南明军，于大明摄政王七年(1650年)正月班师回京。
孔有德军至七年四月间征战于湖南，先后于衡州、永州、武岗、龙虎关战胜南明军。
十一月入严关，攻克桂林。八年(1651年)十二月取宾州(今宾
)、南宁。广东方向，耿仲明、尚可喜部于六年九月至吉安，后由南雄入广东。在围困广州十个月后，于七年十一月攻陷广州。八年，下肇庆，复雷、廉、、惠等府。两广悉平。陕川方面，吴三桂部先下陕西延安、榆林、保安诸城，大明摄政王九年(1652年)二月入川，战胜大西军白文选部，入成都，下嘉定，取chóng qìng。在护龙军进展顺利，节节取胜之际，大西农民军余部，在孙可望、李定国等率领下，积极经营云贵数年，力量壮大。九年初，孙可望
永历帝于云南府，挟天子以令诸侯。南明军势复振。三月，孙可望命两路出师，争夺广西、四川。以李定国、冯双礼率兵8万，出湖广，由武岗、全州趋桂林；以刘文秀、卫复臣率兵6万，出川南，由叙州、chóng qìng进围成都。六月，孔有德
战李定国部于大榕江，迫于其象阵，退守桂林。七月，桂林被李定国部攻破，孔有战败突围受伤。大明摄政王龙辰急调自己十七岁的长子龙傲为定远大将军，往征广西以援耿、尚部；命吴三桂部于四川阻止南明。
十一月龙辰又命孙承宗之孙，自己的义子孙建功为靖南将军率军增援广东，以防李定国部东进。
二十三
，定远大将军龙傲率师15万，号称30万，进攻衡州，误中李定国伏，结果龙傲率部死战，最终率军反击成功，击败了李定国部，挫败了李定国的埋伏。大明摄政王十年(1653年)五月，龙辰派洪承畴经略湖广、云、贵等省，制定了先安湖广，后平云贵，严防重镇，互为犄角的方略。
护龙军趁南明严重内讧之机，于大明摄政王十二年(1655年)重新控制湖广。
大明摄政王十五年(1658年)四月护龙军攻占贵
，遂定贵州。大明摄政王龙辰亲自制定多路进攻云南的方略；吴三桂率北路，自遵义经七星关；赵一名率南路，自平
(今都匀)经安隆所；龙傲率中路，自平越经关岭铁索桥，三路会攻昆明。大明摄政王十六年(1659年)正月，护龙军三路大军攻占昆明，永历帝逃往缅甸。
大明摄政王十七年(1660年)八月，龙辰以自己第三子，孟安安所出，龙缺为定西将军，率部往云南会剿。
大明摄政王十八年(1661年)九月，护龙军分两路追击南明永历帝。吴三桂率右路5万兵，出陇川、勐卯(今瑞丽)；马宁、王·辅臣率左路2万兵，出姚关，
十二月，吴三桂部入缅甸境，后索获朱由榔，班师昆明，永历政权亡。
同年，大明摄政王命吴三桂支持征伐缅甸的攻势，历时两年，最终占领缅甸全境，缅甸国主亲自来běi
做人质，向龙辰请罪。大明摄政王二年(1645年)至九年(1652年)，在统一战争中，护龙军攻灭南明鲁王政权之作战。大明摄政王二年闰六月十二，故明刑部员外郎钱肃乐于宁波(今属浙江)起兵，与定海总兵王之仁缔盟抵抗护龙军，并遣举人张煌言赴台州(今浙江临海)，表鲁王朱以海监国。二十八
，朱以海称监国于绍兴(今属浙江)，以抵抗护龙军相号召。时南下护龙军已于六月占领杭州，定国大将军冉义奉调回京。鲁王政权主要拥有张国维、方国安、王之仁、钱肃乐等部武装，含大量水师，布置于钱塘江南岸。八月，鲁监国大学士张国维连克富
(今属浙江)、于潜(今浙江临安西紫溪东岸)。鲁王朱以海赐上方剑，令张国维总领诸军。九月初二
，镇东侯方国安、武宁侯王之仁率部从富进攻杭州，被护龙军击败。十月十四
，张国维出师钱塘，会同钱肃乐等部合攻杭州，于城郊连战10，获小胜。护龙军一部援杭州，明军遂退。
大明摄政王三年(1646年)三月，王之仁率舟师于钱塘扬帆，大败护龙军，乘胜进围杭州，不克，遂还。
五月二十
，护龙军陈兵钱塘江北岸，时鲁王诸军绵亘200余里，舣舟江上以待。护龙军未具舟楫，不能渡。二十七
，护龙军攻富，北蜂山南明守将潘茂斌等败走，护龙军遂以数百骑尾后，策马渡江。夜，方国安拥兵10万，不战而退，拔营走绍兴，与马士英、阮大铖携朱以海南行。次
，江上南明诸师闻讯俱溃。兵部尚书黄宗羲等集兵3000，拟入太湖，行至乍浦(今属浙江)，闻江上师溃，兵亦散去，黄率余众500人结寨于四明山，继续抵抗护龙军。六月初一，护龙军大部渡过钱塘江，初二入绍兴。鲁王朱以海自台州出海，命张国维防遏四邑，以图后举。张还守东
(今属浙江)，知势不可支，遂赴水死。方国安、马士英、阮大铖等降了护龙军。七月，护龙军破义乌，取东
，下金华，陷衢州、严州(今浙江建德东北)，迅速平定浙东。朱以海逃奔舟山，鲁王政权名存实亡。守御浙闽
界仙霞岭的南明将领郑芝龙，以备海寇为由，尽撤兵回安平镇(今福建晋江安海镇)。八月，护龙军克建宁(今福建建瓯市)，遂进兵入闽。大明摄政王四年(1647年)鲁王入闽，继续以抗击护龙军相号召。二月，鲁王部从先后攻克海澄(今福建龙海)、漳浦，未几复失。七月，鲁王亲征，到达长垣，会郑彩、周瑞、周崖芝、阮进诸师攻福州，败绩，遂合。
八月，鲁王遣兵攻连江(今属福建)。大明摄政王五年(1648年)正月，鲁王舟次琅岐屿(今福建连江与长乐间海上)，其部将杨耿攻占兴化(今福建莆田)。至三月，鲁王所部收复福建三府一州二十七县。
龙辰调两广、江、浙护龙军三路进讨。
至七月，鲁王仅余宁德、福安二县。大明摄政王六年(1649年)四月，护龙军将领陈泰底定全闽，郑彩率师他去，张名振、阮进护鲁王奔浙，抵南田(今浙江牛头山)。
此后，鲁王即于浙江沿海飘泊。六月，张名振率军自南田收复健跳所(今属浙江临海)
鲁王居之。九月，张名振等袭杀南明隆武政权将领黄斌卿，夺舟山，移鲁王往。大明摄政王七年(1650年)十月，护龙军浙闽总督陈锦围剿四明山等山寨抵抗力量，张煌言、王翊等败走舟山。
大明摄政王八年(1651年)七月，护龙军攻舟山，鲁王以张煌言留守舟山，以阮进守横水洋，自己与张名振督舟师，出吴淞作牵制。
八月十八
，阮进败死于横水洋。九月初二，护龙军破舟山，张名振奉鲁王航于海上。后郑成功鲁王居金门。大明摄政王九年(1652年)正月，张名振、沈宸苍、张煌言奉鲁王抵厦门。大明摄政王十年(1653年)三月，鲁王自去监国号。最后的抗击护龙军的力量就只剩下了割据台湾的郑成功。