城主名唤帖木儿玛里克，守着河里面一个小洲，和城内互为应援。阿剌黑等屡次与战，均遭失利，亟遣使向成吉思汗请增兵助战。成吉思汗已拔取了布哈城、塔什干城，行抵布哈尔，得了阿剌黑等报告，即派兵往援。
阿剌黑等兵力既增，即运石填河筑堤达洲。帖木儿玛里克几次来争，皆为杀败，只得在夜间乘舟，意
逃往白讷克特城。不料阿剌黑等已用铁索锁在河间，阻他前进，两岸上都用强弓硬弩，
放
。帖木儿玛里克只得弃舟登岸，且战且行。阿剌黑等挥兵追蹑，杀伤殆尽，只剩得帖木儿玛里克一人走逃。
不过三月工夫，各军马皆来报捷。成吉思汗大喜。唯术赤、察合台、窝阔台三人，将所取各城的人民擅自处分，并未禀明。成吉思汗因此发怒，传令诸子不准入见。术赤与察合台、窝阔台等奏凯回来。
在营外三
，不敢通报，惶恐异常。至第四，博尔术入见成吉思汗道：“回疆梗化，主子大张挞伐，占了他的城池，掳了他的百姓，朝野臣民，莫不
欣鼓舞，额手庆贺。主子为何动起怒来？诸皇子虽擅取了百姓，行为不合于理，但都是主子之子，他们所有，便是主子所有，况且他们都已知过。
在营外待罪三
，主子何不传入，面加训饬，令其以后谨慎行事呢？”成吉思汗怒气稍息，传三子入帐，拍案大骂。三子皆汗
浃背，不敢仰视。左右均上前谏道：“诸皇子年轻，初次领矢，元异出巢的鹰雏，今
第一次立功，主子不加奖励，反而责骂，恐阻其向上之心。现在世界的敌人尚还不少，主子何不令他们带罪立功呢？”成吉思汗遂命三子跟随自己，攻取了布哈尔城。追赶至阿母河，成吉思汗传令，除投降者免死，其余一概诛戮。
且登回教的讲台，召集了人民，宣布杀商、杀使的罪状，令富户各出家财犒军。回民处在积威之下，哪里还敢违逆？只得将私财尽行献出。
那谟罕默德已引兵驻扎于薛米思干。消息传来，成吉思汗立即率兵往薛米思干，谟罕默德闻得大军将至，即行逃去，城内尚有民四万，守具甚是完备。成吉思汗命术赤等三路军马，四面围困。城中出战，又为大军所败。
守将阿儿泼，四围而困，城内无主，遂即投诚。成吉思汗许以不死，待到兵民出城，命各兵剃发结辫，俱入军籍，人民仍照旧制。至夜间，搜杀降兵，靡有孑遗。又俘工匠三万名，分隶各营。
壮丁三万名，充作奴隶。余民五万，令出金钱二十万，始得安居，因谟罕默德未能就获，令哲别、德不速率矢往追。
又探悉谟罕默德的母亲、
子，居住玉龙杰赤城，与丹尼世们去对她说道：“你的儿子谟罕默德得罪了我，所以发兵来讨，你所居之地，我不来侵犯，可以遣人议和。”谟罕默德的母亲，名唤支尔干，非但不肯遣使议和，反将丹尼世们逐出，径自率领妇女向西而去。
谟罕默德逃走之时，其长子札兰丁随父出奔，要召集部民，扼守阿母河，谟罕默德不从其言。札兰丁又要自任统帅，任父他往，谟罕默德又不允其请。
次子屋克丁，驻兵于义拉克，万人来
，说是有兵有饷，可以坚守。谟罕默德遂向西行，部下随从的兵卒，多康里部人，暗中叛，幸得事先戒备，每夜辄易寝处。一夕，已徙他处，所留空帐，丛矢如猬。谟罕默德心中大恐，借称出猎，带了心腹数人，与札兰丁奔往义拉克而去。哲别、速不台率兵穷追。
到了阿母河，因无舟楫可以渡过，遂令兵士伐木编箧，内置器械，外裹牛羊兽皮，系于马尾，驱马泅水，将士扳援以随，竟得渡过。过渡之后，分两路追赶。
哲别趋西北，速不台趋西南，将至宽甸吉思海左近，敌军重又会合。谟罕默德在义拉克闻得蒙古军将到，遂即西行。
屋丁克亦不敢抵敌，弃城而去，谟罕默德逃到伊兰，只住得数
，又东奔马三德兰。马三德兰的旧部酋，从前为谟罕默德所杀，地亦被并。其子闻谟罕默德忒蹇而来。率众报仇，杀入帐中。谟罕默德已闻信先逃，越宽甸吉思海，在小岛中休息，此时谟罕默德因昼夜奔窜，辛苦成疾，弥留之际，将
间所佩之剑，付于札兰丁，命他嗣位而死。札兰丁将谟罕默德草草殡葬，从岛中潜行出外，至玉龙杰赤城，支尔干虽已逃走，城中尚余兵六万，半属康里部人，见札兰丁到来，又
加害，札兰丁仓惶而逃，途中遇见帖木尔玛里克，率着三百骑西行，两人会合一处，奔往哥集宁。哲别、速不台兵抵马三德兰，闻知谟罕默德窜死小岛，遂勒兵往伊拉尔堡，围住了谟罕默德的母、
，那伊拉尔堡，在万山之中，茂林深溪，
翳蔽天，难以攻入。遂分布人马，四面围困，断其汲道，适值一月不雨，山中无水，人民口渴
绝，只得出外逃命。哲别、速不台早已派兵守候，见一个捉一个，来两个擒一双，等到山内人民纷纷出外，哲别、速不台料知山中已经内
。即引兵入内，将谟罕默德的母、
、女、孙，完全拿获，送往成吉思汗大营。成吉思汗赦了支尔干的死罪，将她幼孙杀却，所有女子四人，一个给于丹尼世们，一个给了从前被杀的商人之子，余两个皆给于察合台。察合台只留一女，把一女给于部将。哲别、速不台又奉到成吉思汗命令，叫他们暂勿回军，宽甸吉思海之北，有钦察部，曾经收容蔑里吉部的降人，可往征讨。二将奉了命令，只得又向西进，那成吉思汗平定了撒马耳干。
即至碣石避暑。到了秋凉时节，亲率拖雷往略南方，命术赤、察合台、窝阔台往征玉龙杰赤城，此时玉龙杰赤城，已由兵民公推康里部人库马儿充当首领。术赤等兵临城下，守兵出外
战，杀得大败而回，自此不敢出战，凭城死守。蒙古兵围攻数
，均不得手。术赤遣使谕降，库马儿不从。遂伐木为桥，令兵三千进攻。城中一大队人马。就从内杀出，将三千蒙古兵围于核心。术赤忙发兵往援，桥腹被毁，不得过去，只有眼睁睁地望着三千人马被敌兵杀得一个不留。
察合台要乘风纵火，焚毁城廓，术赤
王此土，不肯答应，因此两下不和，各存意见，直至七月之久，还未攻下此城。成吉思汗闻得此信，遣使切责二人，改命窝阔台统领诸军。窝阔台竭力为两人和解，遂决河水灌城。城中惊惶扰
，窝阔台乘势杀入。库马儿犹带领部兵死战至七昼夜之久，力竭而身亡，城内人民尽遭屠戮。术赤留城居守，察合台、窝阔台两人回见成吉思汗，此时成吉思汗已略定阿母河，直指塔里寒山，命拖雷领兵往呼罗珊，为哲别、速不台后援。成吉思汗亲自取塔速里寒寨，其寨西面丛山环抱，守兵极为勇猛。
蒙古军战了数次，不能取胜，伤亡了许多人马。成吉思汗只得召回拖雷，那拖雷往呼罗珊，所过城寨，剿抚兼施，已抵呼罗珊西北，奉到召还之命，遂由宽甸吉思海抵木乃奚国，纵兵大掠。又破匿察儿、也里各城，始抵塔里寒山，在途中已耽延了数月，方得与成吉思汗会合攻寨。
拖雷奋勇进扑，经过七月之久，才能攻下。成吉思汗即在寨中避署。察合台、窝阔台亦于其时到来。到了将近秋天，忽报谟罕默德长子札兰丁。
在哥集宁收合余众，与班勒纥城主灭里克汗互相联合，声势甚盛。谟罕默德的次子屋克丁，也出屯于合儿拉耳，部下亦有千人。成吉思汗乃命哲别等分兵攻屋克丁，亲往征札兰丁。