在中路的德国装甲部队取得胜利的同时，掩护其两翼的2集团军也取得了不小的进展。在北方集团军群右翼，第16集团军早在6月23就占领了考纳斯。而左路第18集团军下属的第38军步兵第291师则在突破国境线后，在34小时内穿44英里，兵临。:>（当时被称为利巴瓦）城下，包围该城并很快发动了进攻。这座基地对于德军来说十分的重要，因为，这个港口是波罗的海的一个重要的出口。如果德军能够顺利的拿下这个港口，那么他们强大的舰队就能够顺利的进入波罗的海直达列宁格勒。
为了确保拿下这座苏联海军基地，德国统帅部为库特。赫尔措格中将指挥的步兵第291师配属了大量加强部队，其中包4机
营、3个摩托车连、3轻型自行高炮连、2列装甲列车和9个炮兵营、2列车炮连（2个150农炮营、2个210加农炮营、装备280米列车重炮的第690车炮连），2空军侦察机中队。苏军在利耶帕亚的守备部队包括杰达耶夫少将指挥下的苏军第8团军步兵第67师的5300人，以及克文斯基海军上校领导的海军基地守备队，总的兵力只有13000，在人数和火力上都处于绝对劣势。但这些部队仍然进行了殊死抵抗。双方在城内发生了
烈的巷战，给德军造成严重的人员伤亡。6月28，德军终于占领了利耶帕亚，该城的守备司令杰达耶夫本人在此前的6月25战死，而他的部下有些一直坚守到了6月2
。在德军第1军和第26军进攻下的拉
维亚首都里加，战斗同样烈。从6月27德军攻入城市，到7月1苏军放弃里加前，红军的守备部队重创了担任里加主攻任务的德军“拉施”团群（隶属于第1军，指挥官拉施上校，后来的柯尼斯堡卫戍司令）。连续丢失利巴瓦和里加基地后，苏军红旗波罗的海舰队只得冒着德国空军的猛烈袭击，撤退到了塔林。在利巴瓦，该舰队损失了“列宁”号驱逐舰和16艘潜水艇。
到6月25，德军北方集团军群已经在苏联境内推进了80～250里。成功的控制了多个港口，包括芬兰的科汉半岛。
但出乎德国统帅部意料之外的是，在反击失利，德军全面推进的情况下，苏军西北方面军并没有像他们事先估计得那样死守波罗的海地区，而是迅速进行了全面撤退，其速度每昼夜达3540里。苏联在战前
并这一地区的目的，无非是要获得一块掩护列宁格勒的缓冲地带而已。从6月29开始，西北方面军下属的第8集团军和第11集团军分别向北、南两个不同的方向退却，在其间出现的大缺口使已经渡过了西德维纳河的德军4甲集群得以更为顺利的进攻。尤其是负责掩护普斯科夫方向的红军第11集团军，此时已经陷入了无指挥状乘此良机，7月5
，德军摩托化41军的先头部队在克服苏军坦克部队的抵抗后，扑向这座通往列宁格勒的门户城市。设在普斯科夫的西北方面军司令部只得匆忙撤向东北方向的诺夫哥罗德。7月9，普斯科夫落入德军摩托化41军之手，纳粹的铁蹄踏入了俄罗斯领托化41军军长莱因特哈特喜出望外的是，在该城附近的铁的部下还缴获了一列满载新式坦克的苏军军列。为了保住受到德国装甲部队威胁的列宁格勒，红军只得将从莫斯科军区抽调来的步兵41、22军，以及从>战斗，并以这3军组成了新的第11集团军（第11集团军原有的部队被编入第27集团军）。他们和新组建的卢加战役集群（北方方面军的部队）的任务，是拼死挡住德国4甲集群通向十月革命之城的道路。
红军在波罗的海地区的撤退组织得混乱不堪，大量部队在不知道应该撤退到什么地方、应该从哪里渡河的情况下和难民一道，在德国破坏分子和当地民族主义者的不断袭扰下，
哄哄地盲目退却。但在德国人看来，与其他方向的苏军相比，红军西北方面军的撤退居然还算是比较成功的。这里的部分原因在于这个战区的德国装甲部队在缺乏步兵配合的情况下，往往让已经被截断了后路的苏联军队从德军松散的战斗队形当中“漏”了出去，有时德军摩托化部队即使抢占了渡口，也无法截住蜂拥而来的苏军。正如当时指挥摩托化第。B间和兵力来肃清战区内的敌人。因此在北方集团军群的作战地域内，虽然缴获了大量武器装备，俘虏人数却非常少，到6月28仅有约五万六千人。这个数字大大的低于德军原先的判断。因为，在原先，德军总参谋预计他们能够俘获10万到20万左右的
不仅如此，许多被击溃的苏军小部队还隐蔽在森林密布地道路两侧，伏击德军的后勤部队。有时从森林里还会窜出个把辆幸存的苏联坦克。但在缺乏当地居民配合的情况下，这种战术维持不了多久，因为波罗的海地区的居民并不喜欢苏联人，而宁可
德国人，一些人甚至主动帮助德军肃清当地的反抗份子和苏联的潜伏人员。他们对待苏联士兵和当地领导人的残暴使德国北方集团军群司令勒布元帅都感到吃惊。或许正因为如此，在所有被占领的苏联领土中，波罗的海地区的‘红色份子’的“清洗”是最彻底的。难怪苏联二号人物莫洛托夫发出这样的慨叹：“民族主义者，不管是俄罗斯的、德国的、波兰的还是乌克兰的，都一样穷凶极恶。”在1941年夏季的波罗的海地区，德国人所烦恼的是。::灭苏军。德国将军蒂佩尔斯基在遗憾的认为北方集团军群当时只是赶走了当面苏军而已，而德国陆军总参谋长哈尔德也在工作
记中对该地段红军有组织的撤退感到恼火。但在苏德战线中部，搏克元帅指挥下的德国中央集团军群当面，巴甫洛夫大将指挥的红军西方方面军所面临的情况要比波罗的海的西北方面军严峻得多，这将为搏克提供绝好的机会。自6月22战争爆发以来，苏联西方方面军左右两翼的国境线已被德国第23装甲集群分别突破。博克元帅麾下这两支强大的装甲集团正如利剑般
向红军纵深地带，企图在白俄罗斯首府明斯克斩断西方方面军主力的退路，将其围而歼之。因此，西方方面军的当务之急，便是通过反突击阻止这2德国装甲集群的前进。在左翼，西方方面军准备以4团军下属的机械化第14军发动反击。但在右翼，方面军司令巴甫洛夫却没有打算动用强大的兵力去抗击在那里实施突破的德军第3甲集群，而只是准备以机械化第11、6军编成一个集团，由方面军副司令博尔金少将指挥，对事实上只是在第3甲集群侧翼担任辅助攻势任务的格罗德诺德军（德国第9集团军部队）进行反击。或许巴甫洛夫大将觉得应该由西北方面军去对付这个在西方、西北方面军之间穿
的德国装甲集群。可是正如前面已经介绍过的那样，西北方面军司令员库兹涅左夫也同样认为应该由西方方面军去执行这一任务。由于这2个方面军之。:得奇怪了。而德国的第3装畅、战术协同不利的福，得以顺利前进。更糟糕的是，由于害怕部队受德国第9集团军近距离合围的威胁，巴甫洛夫还下令将第10集团军调到比亚韦斯托克突出部中部的行防御，这样不仅使苏军在后方没有足够的兵力去对付快速推进的德国装甲摩托化部队，同时还把更多的部队装进了德国人预定的“大口袋”之中。
西方方面军如此漏
百出的反击计划，在执行上同样极为困难。先不去说预定投入反击的部队是否还有时间去领取弹药、油料，侦察敌情、地形，修理那些快要报废的旧坦克。事实上，准备投入右翼反击的2苏联机械化军中，机械化第11军的部分兵力早在6月22就已经投入了与德国第9集团军的作战，其所属部队中只有坦克第29师赶到预定地点，而坦克33师则在35公里以外，摩托化外。另一个机械化第6军则:>。翼的机械化第14军也是在开战第一天就陷入了苦战。由于从战争爆发时起，西方方面军就未能与所属部队建立起有效的联系，这位大胆的司令员巴甫洛夫只得亲自去部队布置任务。可在他离开司令部后却粗心的忘记了联络密码，这样一来西方方面军、甚至莫斯科的斯大林都无法与他本人取得联系。西方方面军的情况变得更加混乱，预定于6月22晚就开始的反击因此迟迟未能发动。