刘铭传带领骑兵向西一路狂追，奔袭两千里，杀入浩罕国境内，将阿古柏之子胡里伯克诛杀。李明峰让韦志俊带领一万步兵跟着刘铭传杀入浩罕，等到诛杀了胡里伯克之后，刘铭传、韦志俊又在浩罕国境内耀武扬威一番，给当地的领主以震慑，然后才返回新疆。
在两人远征的过程中，李明峰又让哈密回王伯锡尔给叶尔羌（今新疆莎车）、和阗（今新疆和田）、乌什、库车、喀喇沙尔（今新疆焉耆）五座城池的回王领主写信，要求其迅速放下武器，归顺朝廷。
南疆有八大城池，现在喀什噶尔和英吉沙、阿克苏都在常胜军掌握之中，剩下的这五座城池则还处在叛军手中。此时李明峰风头正盛，对这些反叛之人也比较苛刻，老李命令这五大城主立刻无条件的到喀什噶尔来投降，否则就发动进攻，全都格杀。
一手软一手硬，一边让伯锡尔写信劝降，李明峰一边又派蔡宜群、李秀成、宋庆等人带兵到这几座城池附近驻扎，对他们进行军事威胁。
这些人看到阿古柏已经败亡，知道抵抗只有死路一条，纷纷自缚到喀什噶尔请降。他们认为朝廷还得依靠他们来统治新疆，所以这次虽然会受一定惩罚，但是小命还是能保住的，所以才如此大胆的到喀什噶尔求降。
不过，事情的发展却出乎了他们的预料，这些回王到喀什噶尔之后，立刻就被李明峰关押了起来。他们的城池领地也被常胜军给控制了起来，一时间，整个新疆都被平定了。
南疆的回王基本都没有得到朝廷的册封，只是得到朝廷的默认罢了。他们的产生也比较复杂。有的是大财主，然后招兵买马，最终靠自己的实力成了一方领主。有的是伊斯兰教的阿訇，在当地德高望重，被当地百姓推举为领主。
南疆分离主义闹的很严重，几百年来都是这样，甚至可以说，这都成了当地的风俗了。这些领主基本也无视朝廷的存在。朝廷掌握新疆的时候，他们碍于大清的军事威慑，明里是表示恭顺的，但是背地里，他们也在积极的谋求南疆的独立。
这帮维吾尔人倒还有几分忠心，两百年前，维吾尔人的统治者就是玛罕木特。玛罕木特是伊斯兰教白山派的最高领袖，是个和卓。和卓是阿拉伯语译音，又翻译为为“火者”、“霍加”也就是圣裔的意思。
玛罕木特在位的时候，维吾尔人是蒙古人的奴隶，被准格尔汗国所奴役。后来清朝出兵讨伐葛尔丹，解救了维吾尔人。康熙皇帝最初也准备以仁义治理新疆，想在新疆培养一个类似于哈密回王家族这样的忠于朝廷的当地贵族，然后进行委任统治。
玛罕木特作为维吾尔人的最高领袖，就理所当然的成了康熙重点培养的对象。玛罕木特的两个儿子，波罗尼都和霍集占也被朝廷重点培养。
但是当朝廷消灭葛尔丹，主力撤出新疆之后，和卓家族就开始不老实了。玛罕木特去世之后，新疆大权落入波罗尼都和霍集占的手中，两兄弟趁着朝廷在新疆兵力稀少的时候，发动叛
，建立汗国，自称大汗。这时候已经是乾隆年间了，乾隆帝听闻新疆叛
之后，立刻发兵征讨新疆，经过数年大战，彻底扑灭了叛，史称“大小和卓叛”这其中的小和卓，就是霍集占，李明峰原本对此人倒还有几分好印象，都是受了金庸的毒害。在金庸的《书剑恩仇录》之中，老金替霍集占说尽了好话，将其写成为了民族独立而抵抗侵略的英雄。《书剑》中的两个重要女角，霍青桐和香香公主，就是霍集占的女儿。
但是现在，李明峰是恨这些分离主义分子入骨。这么多年来，他们屡次叛
也没有成功，不但给朝廷带来了损失，也让新疆连年征战，不得消停。大小和卓之
数十年之后，朝廷对新疆的控制力度又减弱了，这个时候，逃入浩罕的大和卓波罗尼都的孙子张格尔再度返回喀什噶尔，在南疆兴兵造反。张格尔虽然只身一人，但是他到喀什噶尔振臂一呼，南疆百万维族百姓都归附其旗下，这样一来，又让朝廷耗费了好几年的时间来征讨。这个事件被称为“张格尔之”李明峰也不知道，维族人是
了什么筋，对这个家族这么忠心。此时距离张格尔之已经有四五十年的时间了，但是新疆大之后，占据了喀什噶尔的大军阀司迪尔在第一时间就派人到浩罕国，接回了张格尔的儿子，大和卓的曾孙，布素鲁克来担任大汗。阿古柏就是趁着护送布素鲁克的机会进入的新疆，由此可见白山派的和卓家族对新疆的影响力。
阿古柏毕竟是浩罕人，对和卓家族没有尊敬之情，所以他到新疆掌权之后，架空了布素鲁克，最终导致布素鲁克的反叛。阿古柏镇
了布素鲁克之后，将其赶回了浩罕，然后又扶持了他的堂兄，同样是大和卓波罗尼都的曾孙卡塔尔勒继任为大汗。卡塔尔勒同样不甘心当傀儡，他趁着阿古柏到哈密去和李明峰
战的时机兴兵讨逆。结果卡塔尔勒出师未捷身先死，没等战胜阿古柏就被阿古柏事先安
的人手将其毒死。毒死卡塔尔勒之后，阿古柏在新疆的维族人之中的形象立刻就改变了，这是阿古柏自己也没有料到的。本来同为穆斯林，新疆人都把阿古柏看成解放者，但是现在阿古柏将圣裔打跑一个，毒死一个，就让新疆人彻底的看清楚了他的侵略者本
。所以在李明峰大军抵达喀什噶尔之后，阿古柏再度征兵都需要使用强制手段了，可见其不得民心。
李明峰虽然很难理解维吾尔人的心态，但是从这一系列历史事件分析，老李得出一个结论，维族人对和卓家族很崇拜，崇拜到了疯狂的地步。为了防止在此发生叛
，李明峰派出了数十个探子，携带重金，深入浩罕国内部，去刺杀谋害大小和卓的后人。老李誓要让这个家族绝种，砍断分裂主义的一面大旗。只要他们的精神支柱一倒，分裂主义的猖獗势头就会减弱，再加上其他手段，老李自信能够彻底斩断分裂主义的
源。以前新疆是军事管制状态，没有设省，只设将军。为了能更加强有力的控制住新疆，李明峰上奏朝廷，要求改变新疆的制度，将新疆设省。李明峰提议取消伊犁将军，设新疆行省，以后新疆军民政务当由新疆巡抚来统领。
这样一来，朝廷就直接
手了新疆的民务，这会导致当地回王的权势暴减。这种改革，换在任何一个时候都会引起回王势力的强力反弹，但是现在不同，这帮回王连小命都保不住了，哪里还有能力和李明峰对抗？至于吐鲁番回王、哈密回王这些忠于朝廷的家族，虽然心有不甘，但是也不敢公然和李明峰对抗。而且李明峰也对伯锡尔表示过了，会尽量维护他的家族利益，这也让伯锡尔放心不少。
新疆建省，也是朝廷一直以来的追求，但是地方势力太强，这个制度一直无法实行，李明峰既然主动要承担这个任务，朝廷一定会赞同的。剩下的就是具体的建省事务问题了，包括政治区划、治所安排，官吏配置等等。
本来新疆的治所是在伊犁，但是伊犁现在处于俄罗斯的控制之下，李明峰虽然不肯放弃伊犁，但是老李也不想通过武力来解决伊犁问题。现在看来，短期内伊犁还是难以收回的，所以新疆省的治所就要换一个地方了。于是老李就上奏，请求将新疆的治所从伊犁迁徙到迪化。
于此同时，李明峰还保举了一系列的官员来充任新疆战后的官职。新疆是李明峰一刀一
打下来的，现在也完全掌握在常胜军手中，朝廷无论是出于公道，还是出于实际分析，都没有拒绝李明峰人事安排的理由。李明峰和伯锡尔经过多次的商议，决定根据地理、民俗、历史等各种因素，将新疆省分成哈密府、吐鲁番府、迪化府、阿克苏府、喀什噶尔府、乌什府等六府。新疆巡抚，李明峰是保举陈星翰出任，下面的六个知府和同知等官，一部分由这次立有战功的常胜军中级将领担任，一部分是由这次战争中表现良好的回王家族派人担任。
伯锡尔功劳最大，忠于朝廷，所以他的残疾长子迈哈默特被任命为新疆布政使，总管新疆全省民务。哈密的知府、同知也由伯锡尔的侄子担任。
这样一来，不但哈密仍然是被伯锡尔家族所掌握，而且伯锡尔家族还有机会管理全新疆的事务。从权力分部上看，哈密回王家族确确实实的成了新疆第一家族。
毒死阿古柏的布加罗此战有功，李明峰将事情的经过据实上奏，请求封布加罗为贝勒、贝子之类的荣爵，并请封布加罗为喀什噶尔领主。雷扎伊也是类似，被李明峰请封为喀什老城的城主。
现在的回王领主和以前可不同了，新疆建立行省之后，领主的权力将会大幅下降，基本上比内地的大地主强不上太多。
李明峰详细的界定了地方官和地方领主之间的权力关系，领主的特权几乎全被剥夺，只是享有比较高的政治待遇和大片的良田罢了。现在的回王权力和阿古柏入侵新疆之前完全不可同
而语。不过，能享受这样待遇的回王也不多，南疆那些招揽来阿古柏的回王，都被李明峰给全部关押了起来。李明峰认为，新疆多年动
不堪，不是朝廷对这些贵族不够好，反而是对他们太好了。现在李明峰使用铁血手段对付回王，他们反倒老实了许多。伯锡尔和布加罗毕竟是比较特殊的回王，李明峰这才给他们一定的特权，允许他们指派知府，其他的回王则基本失去了原有的权势。
南疆被平定之后，英国人也不再聒噪了。只有李鸿章仍然在朝廷上不停的攻击李明峰，他认为老李在新疆搞屠杀，弄僵民族矛盾，将来必有后患之类。
但是现在大清全胜的战绩摆在这，没人理会李鸿章。无论在什么朝代，在哪个国家，收复领土总要比割让领土好，即便这块领土比较贫瘠，比较混乱。李鸿章折腾许久之后，发现没人支持他，也就作罢。
反正他的目的也达到了，李鸿章就是想让李明峰和英国人之间产生矛盾，并且让英国人对他产生好感，全力支持他。从这个角度来看，胜利的是他李鸿章，李明峰和英国人已经彻底闹僵了，老李在新疆就已经听说在保定的英国企业有不少都撤资了。
与之相反的，是李鸿章的淮军得到了大批的英国武器，英国人也开始在李鸿章的地盘江苏进行投资。看来李鸿章经过这一次的事件，成功的取代了李明峰的地位，成了英国在华代理人。但是老李现在远在数千里外，只能暂时放下这件事情，等到返回中原然后再处理。
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李明峰在新疆休整了两个月之后，朝廷果然如预期一般下旨，恩准了李明峰的全部所请。新疆改成行省，迪化成为新疆省治所，升陈星翰为新疆巡抚，迈哈默特为新疆布政使。
和这道圣旨同来的，还有朝廷的封赏，李明峰此战功劳颇大，晋升为一等毅勇公。常胜军其他众将也各有提升，李明峰特意强调的邓鸿、傅禹、丁藻林三人都从参将升为副将。
又过了一个月，接到朝廷圣旨和李明峰书信的陈星翰，带着本镇一万常胜军抵达迪化。这时，李明峰也处理完了南疆事务，率领全军，押送着十几个回王和阿克苏城的数万叛
百姓北上迪化。又过了十几天，常胜军再度返回了迪化城，此时已经是同治六年了。